בישיבה קיימות חבורות לימוד עצמאיות, חלקן בהנחיית תלמידים, וחלקן בלימוד בחברותות במקצועות התורה השונים, כגון רמב"ם יומי, הסוגיה היומית, דף גמרא ליום, משנה ועוד.